A consulta na Biblioteca Eletrônica pode ser feita de diversas maneiras.
A consulta por hipertexto (folheamento) poderá ser feita por assunto, autor, título e tipo de publicação. É a maneira mais fácil para os usuários com pouco conhecimento do conteúdo da biblioteca ou de como realizar a recuperação por palavras-chave.
As consultas simples e avançada são realizadas por meio de query, que é submetida ao sistema e faz a recuperação de todos os documentos que preencham os requisitos solicitados. Utiliza-se para esse procedimento, o software AINFO e a base de dados BDPA, desenvolvido pela Embrapa Informática Agropecuária. Ele permite a combinação de operadores booleanos e recursos como truncagem, mascaramento, busca por proximidade e frase, oferecendo inúmeras possibilidades na formulação de estratégias de busca. É recomendada para usuários avançados, que sabem utilizar os operadores booleanos e os demais recursos disponíveis.

- Consulta por assunto
Na Estrutura hierárquica, o usuário deve clicar em cada nível da hierarquia para abrir ou fechar o tópico conforme sua necessidade. As publicações existentes sobre determinado tópico são apresentadas .
Ao clicar na opção de Árvore Hiperbólica, a consulta será realizada por meio de um gráfico em forma de árvore. Cada nó é identificado por um tema e poderá ter ou não publicações vinculadas. Ao passar o mouse sobre o nó, pode-se verificar o conteúdo. Ao clicar uma vez no nó, o mesmo é centralizado. Ao clicar duas vezes acessa-se o seu conteúdo.

- Consulta por autor
Ao clicar em Autor, é apresentada a lista de autores em ordem alfabética de todas as publicações existentes na Biblioteca Eletrônica. O usuário deverá clicar diretamente no autor desejado.

O sistema mostra todos os títulos existentes do autor escolhido. Em seguida, o usuário escolhe o título desejado e o sistema traz os detalhes da publicação, os links para acesso ao Resumo, Abstract ou texto integral em formato PDF e ainda o acesso ao Curriculum Lattes do autor principal.

- Consulta por título
Ao clicar em Título, é apresentada a lista de títulos de todas as publicações já inseridas na Biblioteca Eletrônica. O usuário deverá clicar diretamente no título desejado.

Em seguida, o sistema traz detalhes do título escolhido e o usuário poderá abrir Resumo, Abstract ou texto integral em formato PDF, bem como acessar o Curriculum Lattes do autor principal.

- Consulta por tipo de publicação
Ao clicar em Tipo de publicação, é apresentada a lista das publicações existentes na biblioteca eletrônica, separadas por tipo e em ordem decrescente do ano de publicação. Também nesse caso, o sistema traz detalhes do título escolhido e o usuário poderá abrir Resumo, Abstract ou texto integral em formato PDF, bem como acessar o Curriculum Lattes do autor principal.

- Consulta Avançada
A consulta avançada por palavras-chave pode ser efetuada de duas maneiras diferentes:
a) Busca simples por palavras-chave: o usuário digita a sua questão de busca;
b) Busca avançada (escolhendo-se essa opção a partir da consulta simples): o usuário escolhe o Tema/Subtema desejado. O usuário pode acrescentar palavras-chaves desejadas conectadas com o operador "e" ou "ou", conforme o caso. Essa opção é interessante para se obter resultados com alta precisão.
Para consultas mais abrangentes, no entanto, deve-se utilizar a busca do tipo "a" acima.

Exemplos:
a) fungos
b) PVDOEN100 ou PVDOEN200
c) PVDOEN* (O asterisco (*) colocado à direita do termo, tem a função de recuperar todos os termos com o prefixo ou radical dado. Exemplo: a expressão PVDOEN* recupera PVDOEN000, PVDOEN100, PVDOEN200, PVDOEN300 e PVDOEN400)

Consulte a Ajuda dentro da página de busca simples e avançada para conhecimento dos recursos e operadores existentes.

Após submeter uma busca, o sistema recupera os itens existentes na base de dados e os apresenta em uma lista no formato de referência bibliográfica. Para consultar detalhes das publicações citadas, o usuário deverá clicar no título desejado. O sistema, então, traz informações mais detalhadas da publicação escolhida. No campo de URL, existe o endereço da Internet onde se encontra a publicação na íntegra. Basta, então, clicar nesse endereço para abrir ou salvar a publicação no seu equipamento. Para abri-la, é necessário possuir instalado o Acrobat Reader versão 5.0 ou posterior.